СВ-99 предназначена для ведения снайперского огня на небольших дальностях. При разработке за основу была взята спортивная винтовка «Биатлон-7-2». Оружие узкоспециального назначения. Дальность эффективного огня до 70 м. Однако, небольшая дальность и малое поражающее действие пули малокалиберного патрона компенсируются высокой точностью стрельбы. Ствол изготавливается методом холодной ковки, канал ствола хонингован. Имеет шесть правых нарезов и не хромирован, что повышает кучность стрельбы. Затвор винтовки - продольно-скользящий, с шарнирно-рычажным запиранием, что позволяет быстро перезаряжать оружие. Питание патронами осуществляется из пятизарядного пластмассового магазина, который полностью утоплен в ложе винтовки. Усилие спуска регулируется специальным механизмом в пределах 0,5 -1 кг. На верхней части ствольной коробки имеется крепление типа "ласточкин хвост" для установки оптического прицела ПО 6x42.
Приклад винтовки съемный, его затыльник и щека регулируемые. Вместо приклада возможна установка деревянной рукоятки, что еще более уменьшает длину винтовки. В нижней части приклада под откидывающейся крышкой предусмотрено место для двух запасных магазинов. В цевье имеется паз для крепления регулируемой по высоте двуногой сошки.
Компактный глушитель длиной около 150 мм навинчивается на дульную часть ствола и снижает уровень звука выстрела до сравнимого с выстрелом из пневматической винтовки.
Винтовка прикладиста и удобна в использовании. Снижению звука при выстреле способствует новый тип затвора. Прямой затвор несколько лет тому назад был изобретен и запатентован (получено авторское свидетельство) Геннадием Никоновым (разработчик автомата АН-94 "Абакан"). Затвор этого типа применяется в винтовках серии "Биатлон". Суть конструкции сводится к тому, что отвод затвора производится не поворотом и скользящим перемещением в заднее положение, а обычным прямым движением. Запирание обеспечивается тем, что затворная группа выстраивается по одной оси и сравнительно маломощный импульс патрона не может самопроизвольно отвести затвор назад. В закрытом положении затвор удерживается мертвой точкой, и открыть его можно только за счет применения бокового плеча шарнирного механизма, соединенного с рукояткой затвора.
Перезарядка очень короткая и быстрая, что позволяет производить серию из нескольких выстрелов в довольно быстром темпе, не изменяя изготовки стрелка. Если бы винтовка была самозарядной, то даже при наличии глушителя ее было бы слышно по звуку затворной группы, что весьма не желательно при работе на коротких дистанциях. Используемая же конфигурация в достаточной мере обеспечивает уровень звуковой скрытности снайпера. В плане конструкции ложи, следует отметить удачное решение как общей компоновки, так и отдельных узлов. Цевье имеет направляющие салазки для крепления сошки. Сверху на ствольной коробке имеется крепление для оптического прицела типа "ласточкин хвост". Конструкция не предусматривает наличие открытых прицельных приспособлений.
Приклад легко отделяется от стреляющего агрегата нажатием всего лишь одной кнопки. Вместо штатного приклада с полностью регулируемым затыльником и щекой, можно установить пистолетную рукоятку. Такая укороченная конфигурация вполне оправдывает себя в случае использования оружия при подходе к боевой точке и отходе от нее.